Τη Νεολιθική Εποχή, που άρχισε με την Ακεραμική περίοδο περί το 7.000 π.Χ., ακολούθησε η Εποχή του Χαλκού, περί το 3000 π.Χ.. Αδρά για το Αιγαίο και την Κρήτη, η περίοδος από το 3.000 π.Χ. μέχρι την έκρηξη του ηφαιστείου της Θήρας, το 1.613 π.Χ., ορίζεται ως Μινωική περίοδος της εποχής του Χαλκού.
Η έκρηξη του ηφαιστείου και οι καταστροφές που αυτή είχε ως αποτέλεσμα επηρέασαν τις εξελίξεις τόσο στις Κυκλάδες όσο και στο Αιγαίο. Σε αυτή την Υστεροκυκλαδική Περίοδο χρονολογούνται και τα ερείπια της προϊστορικής πόλης του Ακρωτηρίου της Θήρας. Το παχύ στρώμα της τέφρας που κάλυψε τον μισογκρεμισμένο οικισμό μετά την έκρηξη του ηφαιστείου, συνετέλεσε στη διατήρηση σχεδόν ανέπαφων των οικοσκευών αλλά και των θαυμάσιων τοιχογραφιών των κτηρίων.
Ο μινωικός πολιτισμός ανακαλύφθηκε στις αρχές του 20ου αιώνα από τον Βρετανό αρχαιολόγο Άρθουρ Έβανς. Ο όρος "μινωικός" επινοήθηκε από αυτόν και προέρχεται από τον μυθικό βασιλιά Μίνωα. Ο Έβανς συνέδεσε την Κνωσό με τον λαβύρινθο και τον Μινώταυρο. Ο Μινωικός πολιτισμός θεωρείται ως «ο πρώτος κρίκος στην ευρωπαϊκή αλυσίδα των πολιτισμών» και άφησε πίσω του μεγάλα αρχιτεκτονικά δημιουργήματα, εργαλεία, τοιχογραφίες, τεχνουργήματα, συστήματα γραφής αλλά και εκτεταμένο εμπορικό δίκτυο. Είναι αξιοσημείωτα τα μεγάλα και περίτεχνα ανάκτορα του, που έφταναν σε ύψος έως και τέσσερις ορόφους, με περίπλοκα υδραυλικά δίκτυα και εξαιρετικής τέχνης τοιχογραφίες.
Αυτή η περίοδος των Μινωιτών χαρακτηρίζεται και από το εκτεταμένο εμπόριο μεταξύ των οικισμών στην Κρήτη, στο Αιγαίο και στην Ανατολική Μεσόγειο. Η τέχνη και η πολιτιστική επιρροή των Μινωιτών έφτασε από την Κρήτη και τις Κυκλάδες, στην Αίγυπτο, στην Κύπρο, στο Ιόνιο αλλά και στην Ανατολία. Η μετάδοση της Μινωικής τέχνης στο Αιγαίο αποδεικνύεται αφού μερικά από τα αξιολογότερα έργα της σώζονται στον οικισμό του Ακρωτηρίου στο νησί της Θήρας, ο οποίος καταστράφηκε από την έκρηξη του ηφαιστείου το 1613.
Την ίδια εποχή, στην ηπειρωτική Ελλάδα και την Πελοπόννησο, εντοπίζονται αναπτυγμένες κοινωνίες σε οικισμούς με οχυρώσεις, σύνθετη αρχιτεκτονική και πρώιμες μορφές διοίκησης και κοινωνικής οργάνωσης. Αρχαιολογικά ευρήματα από αυτή την προμυκηναϊκή εποχή στην ελληνική χερσόνησο και την Πελοπόννησο έχουν εντοπιστεί:

i. στη Λέρνα της Αργολίδας, που η «οικία των κεράμων» χρονολογείται περίπου στο 2500 π.Χ.,

ii. στη Θήβα όπου οι ταφικοί τύμβοι κοντά στο Άρμα και τα σύνθετα υπολείμματα κτηρίων χρονολογούνται στα 2700 μέχρι 2000 π.Χ.,

iii. στη Θεσσαλία όπου τα ίχνη οχυρών οικισμών με δημόσια κτήρια στο Δήμηνι και στο Σέσκλο του Βόλου, στον Γκρεμό ή Γκρεμούρα (Αργισσά) κ.α. ανάγονται στη νεολιθική μέχρι την αρχή της μυκηναϊκής εποχής.

Κατά την Ύστερη Εποχή του Χαλκού, αδρά από το 1.700 π.Χ. μέχρι το 1.100 π.Χ., κυρίως στην κεντρική, τη νότια ηπειρωτική και τη νησιωτική Ελλάδα, αναπτύχθηκε και επικράτησε ο Μυκηναϊκός Πολιτισμός. Αποτελεί έναν πολύ σημαντικό, αμιγώς ελληνικό πολιτισμό στην ηπειρωτική Ελλάδα, που χαρακτηρίζεται από την αστική οργάνωση, τα επιβλητικά ανάκτορα αλλά και την πρώιμη ελληνική, συλλαβική γραφή, τη Γραμμική Β. Οι Αχαιοί είχαν ήδη εμφανιστεί στην προϋπάρχουσα πελασγική κατοίκηση της Πελοποννήσου και άρχισαν να κυριαρχούν εξελικτικά, χωρίς όμως να προσδιορίζεται κάποιο όριο μεταξύ του Μινωικού και των Μυκηναϊκού πολιτισμού.
Το 1450 π.Χ. ακολούθησε η μυκηναϊκή κατάκτηση της Κρήτης που ουσιαστικά σφράγισε το τέλος του Μινωικού πολιτισμού. Τα μινωικά ανάκτορα έγιναν ερείπια και μόνο η Κνωσός ξαναχτίστηκε. Ουσιαστικά τότε έγινε αλλαγή της δυναστείας με μια άλλη, διαφορετική μυκηναϊκή άρχουσα τάξη. Η γραφή άλλαξε και από Γραμμική Α και ιερογλυφική, έγινε Γραμμική Β.
Η γραμμική Α δεν έχει αναγνωσθεί μέχρι σήμερα ενώ η Γραμμική Β αποκρυπτογραφήθηκε από τον Άγγλο αρχιτέκτονα και ερασιτέχνη γλωσσολόγο Michael Ventris και αποδίδει μια πρώιμη, αλλά σαφώς κατανοητή σήμερα, ελληνική διάλεκτο. Η γραμμική Β πρωτοανακαλύφθηκε από τον Άρθουρ Έβανς στην Κρήτη, όπου συνολικά βρέθηκαν περίπου τρεις χιλιάδες πινακίδες. Ακόμα χίλιες τετρακόσιες πινακίδες βρέθηκαν και στο μυκηναϊκό ανάκτορο της Πύλου στη Μεσσηνία αλλά και σε άλλες θέσεις της ηπειρωτικής Ελλάδας όπως στα Χανιά, τα Μάλια, την Τίρυνθα, την Ελευσίνα, τον Ορχομενό και αλλού. Τριακόσιες πινακίδες γραμμικής Β βρέθηκαν στη Θήβα και ενενήντα στις Μυκήνες. Η αρχαιότερη πινακίδα γραμμικής Β βρέθηκε από τον καθηγητή Μιχάλη Κοσμόπουλο το 2010 στην Ίκλαινα της Μεσσηνίας, ενώ η πληθώρα των πινακίδων στην Κνωσσό συμπίπτει με την εκεί καταστροφή του μυκηναϊκού ανακτόρου το 1370 π.Χ.. Εντυπωσιακό είναι επίσης το αποτέλεσμα της αρχαιολογικής έρευνας για τον αριθμό των γραφέων των πινακίδων της Γραμμικής Β. Για την Κρήτη αυτοί υπολογίζονται στους εξήντα ενώ για το ανάκτορο στον Άνω Εγκλιανό, στους τριάντα. Τα κείμενα των πινακίδων αφορούν κυρίως λογιστικά αρχεία των ανακτόρων.
Oι Μυκηναίοι εγκαταστάθηκαν στην Κνωσό δίνοντας τέλος και στην υπεροχή των Μινωιτών στη θάλασσα. Στα ευρήματα στην Κνωσό, σε τάφους πολεμιστών της εποχής, εμφανίζονται εκεί και μυκηναϊκά ταφικά έθιμα. Η παρουσία των Μυκηναίων εκεί, αποδεικνύεται και από τα κείμενα στις πινακίδες της μυκηναϊκής Γραμμικής Β, απ’ όπου φαίνεται ότι το σύστημα διοίκησης στην Κρήτη ήταν πια αντίστοιχο με αυτό της μυκηναϊκής Ελλάδας. Η αλληλοεπίδραση των δύο πολιτισμών είναι ιδιαίτερα εμφανής και αποδεικνύεται τόσο από τα ευρήματα των ταφών των Μυκηναίων πολεμιστών και του Μυκηναίου άνακτα στην Κνωσό όσο και από αυτά του «τάφου του Γρύπα Πολεμιστή» δίπλα στο ανάκτορο του Άνω Εγκλιανού:
«Χάλκινα όπλα και αγγεία, χρυσά κι ασημένια κύπελλα, κατάλοιπα από μια χάλκινη πανοπλία και ένας σφραγιδόλιθος από αχάτη με λεπτομερή παράσταση μάχης ανάμεσα σε τρεις πολεμιστές – όπως αυτές που περιγράφονται στα ομηρικά έπη – ήταν μερικά μόνο από τα 1.400 κτερίσματα που εντοπίστηκαν στον ασύλητο τάφο του άνδρα ηλικίας 30-35 ετών που χρονολογείται περί το 1450 π.Χ.».
Γενικότερα η μείξη και η διαδοχή των πολιτισμών της περιοχής της ανατολικής Μεσογείου επιβεβαιώνεται και από τα ευρήματα σφραγιδοκυλίνδρων του 15ου και 14ου π.Χ. αιώνα. Η διακόσμησή τους είναι επηρεασμένη από μινωικά, κυπριακά και αιγαιακά στοιχεία, που η διάδοσή τους ήταν ευρεία στη νοτιοανατολική Μεσόγειο.
Το μυκηναϊκό ανάκτορο της Κνωσού, καταστράφηκε περίπου το 1370 π.Χ. Η Μινωική εποχή αντικαταστάθηκε από τη Μυκηναϊκή. Η μεγαλοπρέπεια των ταφών στην Κρήτη άλλαξε και αντικαταστάθηκε από τα ταφικά έθιμα των Μυκηναίων. Θαλαμοειδείς τάφοι, σκαμμένοι σε μαλακό φυσικό βράχο αλλά και κτιστοί θολωτοί τάφοι, χωρίς όμως τη λαμπρότητα της κατασκευής πολλών από αυτούς της κυρίως Ελλάδας. Μετά την μυκηναϊκή επικράτηση η Κρήτη έχασε την ηγετική θέση της στο Αιγαίο και αντικαταστάθηκε από τους Μυκηναίους.
Αυτοί αφού κατέκτησαν την Κρήτη, μετά από λίγα χρόνια εισέβαλαν και στις Κυκλάδες. Πολλοί οικισμοί πυρπολήθηκαν, όπως αυτός της Αγίας Ειρήνης στην Κέα και άλλοι όπως η παλαιότερη Μινωική αποικία στα Κύθηρα εγκαταλήφθηκαν. Το ίδιο έγινε στη συνέχεια και με την πόλη της Φυλακωπής στη Μήλο. Εκεί όμως αργότερα χτίστηκε από τους Μυκηναίους ανακτορική οικία και η οχύρωση ενισχύθηκε.
Οι Μυκηναίοι ανέλαβαν τα ηνία της διοίκησης της ηπειρωτικής ελληνικής χερσονήσου, ενώ ταυτόχρονα φαίνεται ότι τότε οι νησιώτες βρήκαν καλύτερους συνεργάτες για τις ναυτιλιακές και εμπορικές τους δραστηριότητες. Το μυκηναϊκό εμπόριο στις περιοχές της ανατολικής Μεσογείου αναπτύχθηκε, χάρη στην εμπειρία και την τεχνογνωσία των Κυκλαδιτών εμπόρων.