Όταν ο τουρκικός στρατός κατέβαινε από την Άρτα για να ενισχύσει την πολιορκία του Μεσολογγίου, ένα τμήμα του, από περίπου 2.000 πεζούς, ιππείς και πυροβολικό, υπό τους Αμπάζ πασά και Μουσταφά μπέη εισέβαλε στις αρχές Απριλίου στην ανατολική Στερεά. Στις 11 Απριλίου, ο Γκούρας στη Δαύλεια και το Τουρκοχώρι ανέκοψε για λίγο την πορεία τους. Εν τω μεταξύ, μετά το Μεσολόγγι και αφού η επανάσταση στη δυτική Ελλάδα είχε σχεδόν σβήσει, ο Κιουταχής στράφηκε και αυτός αμέσως στην ανατολική Στερεά.
Τα τουρκικά στρατεύματα που είχαν ήδη εισβάλει στην ανατολική Στερεά ενισχύθηκαν σημαντικά. Στις 22 Απριλίου, όταν ο Αντρίτσος Σαφάκας προσπάθησε να ανακόψει τους Τούρκους στην Παπαδιά, δεν τα κατάφερε. Οι Τούρκοι τότε, ενισχυμένοι και με ένα τμήμα που ήρθε από τη Ναύπακτο κατευθύνθηκαν εναντίον των Σαλώνων (σημ. Άμφισα). Στις 4 Μαΐου, μία ακόμα αποτυχημένη προσπάθεια άμυνας από τον Γιάννη Γκούρα, τον Δήμο Σκαλτσά (Σκαλτσοδήμο) και τον Πανουργιά στα Πέντε Όρνια (ορεινή θέση περίπου τρεις ώρες μακριά από τα Σάλωνα) έφερε τελικά την πτώση και τη λεηλασία των Σαλώνων. Η πλειονότητα των Ρουμελιωτών οπλαρχηγών ήταν στην έδρα της νέας κυβέρνησης, της Διοικητικής Επιτροπής της Ελλάδος στο Ναύπλιο διεκδικώντας καλύτερες αποζημιώσεις αλλά και ρόλους. Ο περισσότερος πληθυσμός είχε καταφύγει στα ορεινά, στις αποκλείστρες.
Ο Κιουταχής κατέκτησε σχεδόν ανενόχλητος τη Λοκρίδα, τη Βοιωτία και τη Φωκίδα, τοποθέτησε ισχυρή φρουρά για τη φύλαξη του οδικού δικτύου για την επικοινωνία της Ηπείρου, της Θεσσαλίας και της δυτικής Στερεάς με την ανατολική Στερεά, την Εύβοια και την Πελοπόννησο. Μικρή αντίσταση βρήκε στο μοναστήρι της Βαρνάκοβας από τους Γεώργιο Καραϊσκάκη, Γιαννάκη Στάικο, Κωνσταντίνο Γιολδάση, Γεώργιο Τσόγκα και Γιαννάκη Ράγκο που όμως λίγο αργότερα, εγκατέλειψαν τη θέση λόγω της έλλειψης εφοδίων. Οι περισσότεροι Ρουμελιώτες οπλαρχηγοί αναγκάστηκαν να βάλουν «καπάκια» για να πάρουν πάλι τα αρματολίκια τους. Όποιος έβαζε καπάκι ή ψευτο-κάπακο επέβαλλε ανακωχή με τους Τούρκους και έτσι έσωζε τον πληθυσμό της περιοχής του από τη σφαγή και τη λεηλασία. Σε τέτοιες συμφωνίες κατέφυγαν κατά καιρούς ο Μήτσος Κοντογιάννης, ο Γεώργιος Βαρνακιώτης, ο Γιωργάκης Δυοβουνιώτης, ο Κομνάς Τράκας, ο Γιάννης Ρούκης, αλλά και ο Ανδρέας Ίσκος στο Βάλτο, ο Γώγος Μπακόλας, ο Γιαννάκης Στάϊκος στο Βλοχό, ο Γιαννάκης Ράγκος, ο Γεώργιος Βαλτινός, ο Στορνάρος, ο Αντρίτσος Σαφάκας και βέβαια ο Οδυσσέας Ανδρούτσος που γι’ αυτό ακριβώς κατηγορήθηκε για προδοσία. Ο Καραϊσκάκης μαζί με τον Δήμο Σκαλτσά αποσύρθηκαν στη Βοστίτσα και στη συνέχεια ο Καραϊσκάκης πήγε στο Ναύπλιο κοντά στην καινούργια κυβέρνηση, τη Διοικητική Επιτροπή.
Από τις 3 Μαΐου, ο Γκούρας είχε οριστεί φρούραρχος της πόλης της Αθήνας με έδρα του την Ακρόπολη. Οι υπερασπιστές της Αθήνας είχαν οχυρωθεί εκεί ενώ τα γυναικόπαιδα και οι αδύναμοι είχαν διεκπεραιωθεί στη Σαλαμίνα και την Αίγινα.
Ταυτόχρονα, ο πανίσχυρος Ομέρ-μπέης της Καρύστου με 5.000 άνδρες, έσπευσε σε βοήθεια του Κιουταχή στην Αττική. Οι Τούρκοι, στρατοπέδευσαν στο Καπανδρίτι και άρχισαν να λεηλατούν όλη την περιοχή μέχρι τον Πειραιά. Ο Ομέρ-μπέης σύμφωνα με τη διοικητική διαίρεση της τουρκικής διοίκησης ήταν ο στρατιωτικός διοικητής της περιφέρειας του Ευρίπου, με έδρα του την Κάρυστο. Αφού το 1461 η Βενετοκρατούμενη Εύβοια έπεσε στα χέρια των Τούρκων, το 1470 συστάθηκε η διοικητική περιφέρεια του Ευρίπου, το Σαντζάκ Εγριμπόζ (sancak Eğriboz ή Ağriboz), το οποίο περιλάμβανε τη Βοιωτία και την Αττική και διοικούνταν από τον σαντζάκ-μπέη (sancak-bey).
Η βοήθεια του Ομέρ-μπέη ήταν μεγάλη κι ο Κιουταχής την εκμεταλλεύτηκε. Στις 28 Μαΐου κατέλαβε τη Θήβα και πέρασε στην Αττική. Η Χασιά και το Μενίδι, ενδεχομένως λόγω και της τυραννικής διοίκησης του Γκούρα ‘προσκύνησαν’. Αμέσως μετά ο Κιουταχής πήγε στο Καπανδρίτι με 2.000 στρατιώτες και 1.000 ιππείς. Αφού οι δυνάμεις των δύο Τούρκων πασάδων ενώθηκαν, την 1η Ιουλίου 1826 οι συνολικά 10.000 Τούρκοι με ιππικό και 26 πυροβόλα κατέλαβαν το Λιόπεσι και στις 3 Ιουλίου τη Μονή Πετράκη, το χάνι του Χασεκή και τα Σεπόλια. Την ίδια ημέρα στρατοπέδευσαν στα Πατήσια. Στις 28 Ιουνίου, οι αμυνόμενοι Έλληνες βλέποντας τον κίνδυνο του αφανισμού τους και παραλληλίζοντας τη θέση τους με αυτήν του τραγικού Μεσολογγίου έγραψαν προκήρυξη στην οποία αναζήτώντας υποστήριξη, διαμηνύουν:
«...Εάν εξ εναντίας δια τας αμαρτίας μας ήθελε μας εγκαταλείπει ο Θεός απροστάτευτους, μας αφήσουν οι αδελφοί μας ομογενείς αβοήθητους, και οι χριστιανοί μείνωσιν αργοί θεαταί, τότε δη τότε θέλουσι σκεπάσει τα σώματά μας οι Ναοί του Παρθενώνος, του Ποσειδώνος, του Ερεχθέως, τα λείψανα των Προπυλαίων, τα οποία δια να μη καπνισθούν και άλλην μίαν φοράν από τον καπνόν των βαρβάρων θέλουν πέσει μαζί μας από τον μαύροον θάνατον, όστις θέλει έβγει από τα σπλάγχνα των, δια να εκπληρώση το πεπρωμένον»…
Στις 5 Ιουλίου, περίπου 1.400 ένοπλοι, οχυρώθηκαν στο λόφο του Μουσείου, ενώ στις 11 Ιουλίου στρατιωτικά τμήματα του Ομέρ-μπέη τους εξεδίωξαν από εκεί και έφθασαν στην Πνύκα, την Αγία Μαρίνα και την Αγία Τριάδα. Την επόμενη ημέρα οι Τούρκοι κατέλαβαν και τον Άγιο Αθανάσιο στο Θησείο. Ο αποκλεισμός της Αθήνας ολοκληρώθηκε. Οι Τούρκοι αφού είχαν περικυκλώσει την Αθήνα, έκαναν επιδρομές σε γειτονικές περιοχές όπου δημιουργούνταν αψιμαχίες με τοπικούς θυλάκους Ελλήνων που αντιστέκονταν. Αψιμαχίες υπήρχαν και στο λόφο του Μουσείου, όπως στις 13 Ιουλίου, όταν ο Γκούρας και ο Μακρυγιάννης εξόρμησαν από την Ακρόπολη και έτρεψαν τους Τούρκους σε φυγή από τη Μονή Πετράκη. Από τις 15 Ιουλίου τα πράγματα για τους αποκλεισμένους στην Ακρόπολη έγιναν δυσκολότερα αφού τα εχθρικά πυροβόλα στήθηκαν γύρω από αυτήν και το πυρ γινόταν πυκνότερο και βαρύτερο. Την επόμενη ημέρα, 16 Ιουλίου ο Κιουταχής έφθασε στην Αθήνα.
O Καραϊσκάκης στις 19 Ιουλίου ορίστηκε από την ‘Διοικητική Επιτροπή’ γενικός αρχηγός των στρατιωτικών δυνάμεων της ανατολικής Ελλάδος. Στις 20 Ιουλίου και αφού δεν υπήρχαν πόροι για στρατολόγηση περισσότερων πολεμιστών έφυγε από το Ναύπλιο συνοδευόμενος από τον Νάκο Πανουργιά, τον Γιαννάκη Φραγκίστα, τον αδελφό του Οδυσσέα Ανδρούτσου, Γιαννάκη κ.ά. και με 600 άνδρες και πήγε στη Σαλαμίνα. Στην Κάζα και στα Δερβενοχώρια αντιστέκονταν στις τουρκικές προκλήσεις ο Βάσος Μαυροβουνιώτης και ο Νικόλαος Κριεζώτης (Γκριτζιώτης). Ο Καραϊσκάκης μετά από συνεννόηση, στις 28 Ιουλίου, εγκαταστάθηκε στην Ελευσίνα και σε μικρό χρονικό διάστημα κατάφερε να προσθέσει στο εκεί στρατόπεδο, δύναμη 1.000 Πελοποννησίων υπό τον καπετάν Γιωργάκη Χελιώτη. Η καταγωγή του Γεωργίου Λύκου ή Χελιώτη ήταν από το Χέλι (Αραχναίο) της Αργολίδας.
Στις 30 Ιουλίου έφθασε επίσης στην Ελευσίνα από τα Μέθανα, μετά από διαταγή της Κυβερνήσεως, και το ‘τακτικό σώμα’ του Γάλλου στρατηγού Κάρολου Φαβιέρου (Charles Nicolas Fabvier), διορισμένου από την κυβέρνηση επικεφαλής του τακτικού σώματος. Το τακτικό αποτελούσαν δυο τάγματα τακτικών στρατιωτών και ένας λόχος φιλελλήνων. Η συνολική δύναμη του έφθανε τους 1.750 άνδρες. Στις ελληνικές δυνάμεις στην Ελευσίνα προστέθηκαν και πρόσφυγες από τη Μακεδονία, τη Θεσσαλία και την Θράκη που σχημάτισαν το ‘Μακεδονο-Θετταλο-Θρακικόν σώμα’, ενώ ταυτόχρονα συγκροτήθηκαν κι άλλα δύο σώματα: η ‘φάλαγξ των Επτανησίων’ και η ‘Ιόνιος φάλαγξ’. Η δύναμη των ‘ατάκτων’ είχε φθάσει τους 2.500 πολεμιστές. Η ‘Διοικητική Επιτροπή’ συνέστησε στον Καραϊσκάκη να συσκέπτεται με τον Φαβιέρο για την κατάστρωση σχεδίων μάχης και παράλληλα τόνισε στον Φαβιέρο ότι δεν τελεί υπό τις διαταγές του Καραϊσκάκη. Ο Καραϊσκάκης έθεσε το σώμα του Χελιώτη υπό τις διαταγές του Φαβιέρου και έτσι η συνολική στρατιωτική δύναμη των Ελλήνων στην Ελευσίνα έφτασε τους 4.250 άνδρες.
Στις 3 Αυγούστου μια ισχυρή δύναμη Τούρκων, περίπου 5.000 άνδρες, ‘έπεσαν’ επάνω στο αδύνατο τείχος της πόλης της Αθήνας και έκαμψαν την αντίσταση των 800 υπερασπιστών της, που υποχώρησαν στην Ακρόπολη. Οι αιφνιδιαστικές μικροεπιθέσεις με καθόδο Ελλήνων στην πόλη της Αθήνας, έσπερναν μεν τον πανικό στους Τούρκους αλλά δεν έλυναν την πολιορκία.
Στην Ελευσίνα, μόλις πληροφορήθηκαν την άλωση της Αθήνας, αποφάσισαν να κινηθούν εναντίον των Τούρκων. Με αυτή την απόφαση διαφωνούσε ο Φαβιέρος, ο οποίος επέμενε ότι για ένα τέτοιο εγχείρημα χρειάζεται και το ιππικό του. Έτσι ο Καραϊσκάκης και οι άλλοι οπλαρχηγοί, στις 5 Αυγούστου, χωρίς αντίσταση στρατοπέδευσαν στο Χαϊδάρι. Τους ακολούθησε το τακτικό με τον δυσαρεστημένο Φαβιέρο. Τη επόμενη ημέρα δέχθηκαν επιθέσεις που απέκρουσαν με μεγάλο ενθουσιασμό τους Τούρκους. Κατά τη διαφαινόμενη πλήρη επικράτηση των ελληνικών σωμάτων ο Φαβιέρος συνέχισε με το τακτικό του την καταδίωξη των οπισθοχωρούντων αντιπάλων του στην πεδιάδα στο Δαφνί. Τότε όμως ο Καραϊσκάκης τον ανάγκασε να σταματήσει την καταδίωξη, φοβούμενος τη μάχη στο ανοικτό έδαφος, λόγω της έλλειψης ιππικού. Ο Φαβιέρος υπάκουσε απογοητευμένος.
Την μεθεπόμενη ημέρα, στις 8 Αυγούστου, ισχυρότατες τουρκικές δυνάμεις με 8.000 άνδρες και 2.000 ιππείς επιτέθηκαν και πάλι, χωρίς όμως αποτέλεσμα. Ο Φαβιέρος, πειραγμένος από τα σχόλια της προηγούμενης ημέρας από τους οπλαρχηγούς των ατάκτων, προσπαθώντας να πείσει για την ορθότητα της τακτικής που ακολουθούσε στη μάχη, έβαλε σε μεγάλο κίνδυνο το τακτικό. Τελικά η συνεργασία του τακτικού και των ατάκτων έφερε και πάλι τη νίκη για τους Έλληνες. Το ίδιο βράδυ όμως οι άτακτοι, φοβούμενοι για τις θέσεις τους στην πεδιάδα, επέστρεψαν στην Ελευσίνα ακολουθούμενοι και από το τακτικό κάνοντας αυτές τις δραματικές μάχες να φαίνονται ασήμαντες αψιμαχίες.
Εξαιρετικά διαφωτιστική για τις συνθήκες και τις σχέσεις που επικρατούσαν εκείνη τη στιγμή στα ένοπλα τμήματα είναι η αναφορά του Φαβιέρου:
«Απήλθον είς την Κούλουρην με δύο τάγματα και τέσσαρα πυροβόλα και ένα λόχον τών φιλελλήνων. Μ' εκακοφαίνετο πολύ τό ότι δεν είχον τό Ιππικόν, διότι τότε ήθελε διαλυθή ή πολιορκία. Την 3ην επέρασα είς την Ελευσίνα. Η γνώμη μου ήτο ν' ανοίξωμεν δρόμον από τό μοναστήριον Δαφνί ή άπό τόν Πειραιά, διά νά έχωμεν τάς απαιτουμένας διά τόν στρατόν συγκοινωνίας. Την 6ην διαβάντες από τά όρη εφθάσαμεν την νυκταν είς τόν περίβολον του Χαϊδαρίου, θέσις, περί την οποίαν υπάρχουν λόφοι. Την αυγήν μάς περιεκύκλωσε τό ιππικόν του εχθρού, όστις ήρχισε μετ' όλίγον να πυροβολεί καθ' ημών, και μας έβλαψεν οπωσούν [...].
Αφού οι Τούρκοι έφυγον άφ' όλα τά μέρη, μόλις εμφανισθέντων τών στρατευμάτων μας, επρότεινα είς τους οπλαρχηγούς νά διώξωμεν τόν εχθρόν. Ούτως ηθέλομεν διαλύσει την πολιορκίαν ωφεληθέντες από την δειλίαν του. Αλλ’ αυτοί κατεσκεύασαν προμαχώνες επί τινών θέσεων, τάς οποίας εκυριεύσαμεν. Την επιούσαν έφθασεν αρκετή βοήθεια είς τόν Κιουταχή από τόν Εύριπον υπό τόν Ομέρ πασσάν. Την επαύριον επαρουσιάσθη ο έχθρός είς τά χαράγματα τής αυγής με τρεις χιλιάδας περίπου, έξ ών αι δύο χιλιάδαι πεζοι [...].
To εσπέρας τέλος δεν είχομεν ούτε άρτον, ούτε νερόν, ούτε συγκοινωνίαν. Ο δε στρατηγός Καραϊσκάκης με ειδοποίησεν ότι την νύκτα έμελλε να επιπέση μ' όλον του τόν στρατόν κατά του εχθρού και εζήτει νά μείνω είς εφεδρείαν εις τόν περίβολον. Υπεσχέθη και έμεινα, και μετά δυο ώρας είδον εμαυτόν μ' απορίαν μου μεταξύ τών Τούρκων. Διά τούτο ή αποχώρησίς μου έγινε πολύ ακαταλλήλως είς στράτευμα τακτικόν. Είμεθα ή οπισθοφυλακή ομού με τους φιλέλληνας, έξ ών συνελήφθησαν δύο. Τέλος διελθόντες από μέρη πολύ δύσβατα, εφθάσαμεν είς την πεδιάδα, όπου εμάθομεν ότι πρό δυο ωρών είχον αναχωρήσει τά άτακτα στρατευματα. Οι άτακτοι διήρπασαν τά σκεύη τών στρατιωτών μας, ένώ ούτοι άπήρχοντο είς την μάχην, αι δε νυκτοφύλακαί μας ετουφέκισαν ερχομένους. Διά ταύτα δεν ήτο δυνατόν νά διατηρηθή τό νέον τούτο τακτικόν σώμα είς την Ελευσίνα έν τω μέσω τών ατάκτων στρατιωτών, οι οποίοι ήρχισαν νά λιποτακτούν και ηδύναντο νά παρασύρουν και τους τακτικούς εις την φυγήν των.
Όθεν ανεχώρησα και ήλθον είς τά Αμπελάκια, όπου εύρον και τό ιππικόν όλον πυρ άλλ’ εις μεγάλην αταξίαν. Όλη ή ζημία μας συνίσταται είς εβδομήντα φονευμένους, πληγωμένους ή ζωγρημένους. Εκ τών φιλελλήνων ό Βολζιμόν, Μπω, Σουζιε σοβαρά επληγώθησαν, ο Ρουσσέν και ο Πεκαράρα ηχμαλωτίσθηκαν, ώς και ο νέος ανδρείος Ρίζος. Του εχθρού ή ζημία συνίσταται είς χιλίους επτακοσίους».
